„Wir befinden uns in einer Welt, in der Menschen und Pokémon Seite an Seite miteinander leben“
Der junge Trainer Ash Ketchum aus Alabastia, hat in der Hoenn-Region die vielfältigsten Abenteuer erlebt. Ob es nun der Kampf gegen die Arenaleiter, die Hoenn-Liga oder auch die Konfrontation mit Team Aqua und Team Magma war, mithilfe seiner Freunde hat er sie alle überstanden. Doch nach Monaten gemeinsamer Reise und bestandener gefahren, ist die Zeit des Abschieds gekommen. Zusammen mit Rocko bricht Ash nach Kanto auf, zurück in seine Heimat. Allerdings ziehen dunkle Wolken darüber auf.
Es sind nunmehr zwei Monate vergangen, seit Giovanni Razzo, ehemaliger Arenaleiter von Vertania City, zum Präsidenten gewählt wurde. Team Rocket wird von seiner Tochter Sandra weitergeführt, doch natürlich hat er seine Pläne nicht vergessen. Es ist noch immer sein Ziel, die Weltherrschaft an sich zu reißen, Kanto ist lediglich ein erster Schritt. Noch ist alles ruhig, doch es ist nur die Ruhe vor dem Sturm, der über das Land hereinbrechen wird.
Es liegt in eurer Hand, Entscheidet, wie es mit Kanto weitergehen wird.